서소문성지역사박물관은 조선 후기 한국 교회사를 한눈에 살펴볼 수 있는 역사박물관이다.
입구에서 이승훈의 '월락재천수상지진'이 새겨진 진입로를 지나면 진입광장이 등장한다. 전시된 작품들을 따라 걷다 보면 지하 1층의 도서관과 세미나실이 등장한다. 지하 2층에는 기획 전시와 기획 소강당이, 지하 3층에는 전시시설인 콘솔레이션홀, 상설전시실 그리고 하늘광장이 있다.
관람객들 사이에서 가장 인기가 많은 장소는 하늘광장이다. 이 장소는 지하 3층에서 지상 공원까지 뚫려 있는 구조로 만들어져, 땅과 하늘이 소통하는 서소문 밖 네거리 순교성지의 공간 개념을 가장 잘 드러낸다.